大森篤志からの回答内容
労働基準法に関する突っ込んだ内容の詳細については、人事担当者や社労士などに確認するのが一番だとは思いますので、今回は『私にお伝えできる範囲で、キャリアコンサルタントとして』回答させて頂きますね。
「体調不良で休んだ場合は欠勤として扱われ、基本給から減給される」という会社は実際にたくさんあります。
おそらくですが、Erikoさんの会社では、月給制でも「勤務の日数や時間を基準に給与計算される」、いわゆる『日給月給制』なのではないでしょうか。
もし『完全月給制』であれば、何日働いても増額されることがない一方、遅刻、早退、欠勤の場合でも減額されることはありません。
しかし、労働基準法には「月給制に関する詳しい規程がない」のが実情で、結局は会社規程等を確認しなければ、その会社で何が正当なのかはわからないものです。（※労働基準法に則ってさえいれば、社内規定で会社側が定められることだからです。）
あらためてErikoさんの仰られている「正当か」ということを『法律上問題のないことか』という意味で捉えるなら、その会社の規程等を確認してみなければわからないという答えになると思います。
他にも、体調不良などの突発的な欠勤（当日のお休み申請）の場合は「無給」になるとか、前日までにお休みを申請すれば「有給休暇を充てることが出来る」とか。そういう詳細に関しても、通常は会社の規程で定めているはずです。
今のErikoさんに出来る最も賢明なことは、やはり『会社側ときちんと話し合う』ことでしょう。社内規程等についても、書面を見せてもらいながら確認することです。
例えば、Erikoさんの不就労4時間分に有給休暇（半日分）を充てられるのか、もし充てられるとしたら、それがいつまで続くと有給休暇日数のオーバーになって欠勤扱い（無給）になるのか等、具体的に話を聞いて納得しておくことが大事ですよ。
今はそういう話し合いを持たないまま進んでしまっているため、結果的に会社側の都合の良いように処理されている可能性も完全には捨て切れません。そのあたりを確認する意味でも、あくまでも丁重に、謙虚な気持ちを持って、会社側に詳しい説明を求めてみてはいかがでしょうか。
